Het jaar 2021. Zuid-Amerika zit vol met rottende en geïnfecteerde lijken van over de hele wereld. Tussen deze lijken ontwaakt een man die zich niets van zijn verleden kan herinneren en waarom hij daar is. Hij gaat op zoek naar antwoorden.

De jaren 30. Rusty Russell, een toegewijd football-coach van een schoolteam, kent een mysterieus verleden. Hij loodst het team 'The Mighty Mites' naar de staatskampioenschappen. Naast het feit dat hij dit team naar de kampioenschappen coacht, slaagt hij er ook in een inspiratiebron te zijn voor een land dat compleet in duigen ligt.

Dark Waters vertelt het waargebeurde verhaal over de blootlegging van een gruwelijk mileugeheim. Een advocaat, Robert Bilott genaamd, ontdekt een verband tussen een aantal mysterieuze sterfgevallen en chemiebedrijf DuPont, één van de grootste bedrijven ter wereld. Om de waarheid te achterhalen zet hij zowel zijn toekomst als zijn familie en zijn leven op het spel.