Als de aarde wordt getroffen door een onbekend, buitenaards verschijnsel is alle communicatie in een klap verbroken. Een klein gebied in Oost-Europa heeft als enige plek nog elektriciteit. Wanneer militairen op onderzoek uitgaan, treffen ze een totaal vernietigde wereld aan - niemand is gespaard gebleven. De tijd dringt om erachter te komen wie of wat al het leven op aarde heeft verwoest. Hoe lang kan deze laatste groep mensen standhouden?

Vier jaar na de zombie-uitbraak is Zuid-Korea overspoeld door zombies en in quarantaine gezet voor de rest van de wereld. Jung-seok en Min-Jung krijgen de missie om een verlaten vrachtwagen midden in Seoul binnen een tijdslimiet op te halen, om zo het schiereiland voor altijd te kunnen ontvluchten. Maar behalve de hordes zombies komen ze ook oog in oog te staan met een mysterieuze militaire groep, Unit 631, die hen in een hinderlaag lokt. Hun gewelddadige overlevingsstrijd begint!

In dit tweede deel van de epische Maze Runner saga, krijgen Thomas en de andere Gladers te maken met hun grootste uitdaging tot nu toe: het zoeken naar aanwijzingen over de geheimzinnige en machtige organisatie WCKD. De tocht voert ze naar de Scorch, een troosteloos landschap met onvoorstelbare en gevaarlijke hindernissen. Samen met het verzet binden de Gladers de strijd aan met de superieure kracht van WCKD en ontdekken zij dat de organisatie een schokkend plan voor hen in petto heeft.

Maart 1945, het einde van de Tweede Wereldoorlog nadert. Een groepje Amerikaanse soldaten houdt zich bezig met het plaatsen van mijnen en probeert Duitse tanks op te blazen. Een jonge soldaat voegt zich bij het peloton en wordt aangevallen door Duitse soldaten.

In 1993 woont de tienjarige Gabriel in Burundi, samen met zijn Franse vader een ondernemer en zijn Rwandese moeder en zusje Ana, in een comfortabele wijk met expats. Zijn dagelijks leven wordt grondig verstoord wanneer het kleine Afrikaanse land bruut verscheurd wordt door een historisch conflict. Het geweld overspoelt het land.