Het klassieke piratenverhaal van Robert Louis Stevenson gaat een eigen leven leiden in handen van de hilarische Muppets! Muppet Treasure Island is de super grappige, uiterst muzikale en deinende avonturenfilm waar het hele gezin steeds weer van zal genieten. Het begint allemaal als de jonge Jim Hawkins een verloren gewaande kaart erft waarop staat waar de beroemde piratenschat van Kapitein Flint ligt. Jim huurt het grote schip de Hispaniola, waarop hij kennis maakt met de goede kapitein Smollett (Kermit de Kikker) en de slechte, maar charmante Long John Silver (Tim Curry). Ze varen de grote, open zee op met hun hoofd vol avontuur en gouden piratenschatkisten voor ogen. Maar achter iedere golf gaat groot gevaar schuil - waaronder Benjamina Gunn (Miss Piggy), de op Schateiland aanbeden Godin van de Liefde, die er een stuk minder gevaarlijk uitziet dan ze is!

Een vloot van Amerikaanse oorlogsschepen stuit in de oceaan op een Chinese vrouw, wier schip gezonken is na een aanval. Achter de daad zit het grootste roofdier van de zee: een megalodon. De vrouw legt uit dat haar mensen een experiment met de haaien aan het uitvoeren was, dat verkeerd is uitgepakt. Omringd door meerdere grote haaien tracht het leger een onmogelijke strijd aan te gaan.

De schurkachtige zakenman Philip wordt uit de Thaise gevangenis vrijgelaten en staat op het punt zijn straf te ontlopen. Omdat onschuldige kinderen hierdoor in gevaar zijn, komen de 13-jarige Aske en zijn pop, de geruite ninja, in actie om hun dorst naar wraak en gerechtigheid te lessen. Aske regelt een familievakantie naar Thailand en begint daar zijn missie om Philip weer achter de tralies te krijgen.