14 jaar na de gebeurtenissen uit het eerste deel is er een hoop veranderd voor Jake en Neytiri, die ondertussen hun plekje hebben gevonden in het regenwoud van Pandora dat ze thuis kunnen noemen. De twee hebben samen drie Na'vi kinderen en een geadopteerd vierde mensenkind genaamd Spider. Jake en Neytiri doen er alles aan om dit gezin bij elkaar te houden, maar wanneer ze opnieuw bedreigd worden door RDA-mijnwerkers zijn ze gedwongen hun thuis te verlaten. Zo komen ze terecht in een geheel andere omgeving bij een rif, waar de Metkayina clan woont. Deze omgeving komt echter niet zonder gevaar, zeker niet wanneer blijkt dat het gezin van Jake en Neytiri zich bevindt in een cultuur die ze niet kennen.

Jake Sully is een verlamde oorlogsveteraan in de toekomst, die met enkele anderen naar de maan Pandora wordt gebracht. De mensheid wil daar waardevolle grondstoffen uit de grond halen. Deze planeet wordt echter bewoond door de Na'vi, een mens-achtig ras met hun eigen taal en cultuur. De Na'vi doen er alles aan zich te beschermen tegen de mensen. Sully raakt betrokken bij hun vrijheidsstrijd, en wordt ook verliefd op één van hen...