Na zijn ontmoeting met de Avengers in Captain America: Civil War keert Peter Parker onder begeleiding van zijn nieuwe mentor Tony Stark terug naar huis, waar hij woont bij zijn tante May. Peter probeert zijn dagelijkse leven weer op te pakken, terwijl hij ervan droomt om met de Avengers samen te werken en de wereld te redden. Wanneer de nieuwe schurk The Vulture in zijn leven komt, brengt hij Peters familie en vrienden in levensgevaar.

Als jongetje komt Matt Murdock in aanraking met radioactief afval en raakt blind. Vanaf dat moment ontwikkelt hij een feilloos radarzintuig waarmee hij dingen in zijn omgeving feilloos aanvoelt, ruikt en hoort. Hij heeft een missie; De zwakkere en hulpbehoevende in de samenleving bij te staan. Overdag is hij een gerespecteerd advocaat en 's nachts is hij Daredevil - waker over de stad.

Tony Stark is een multi-miljardair, industrialist en bovenal een geniale uitvinder. Hij wordt ontvoerd en gedwongen om een verschrikkelijk wapen te bouwen. In plaats daarvan construeert hij een ingenieus ijzeren pak waarmee hij weet te ontsnappen. Als hij terugkeert in de V.S ontdekt hij een wereldwijd complot dat de stabiliteit van de wereld in gevaar brengt. Onder zijn alias, 'Iron Man', probeert hij het tij te keren.

De extended edition is 11 minuten langer met scènes van Peter op school, meer Charlie Cox's Daredevil en meer van de andere Spider-Men! De film wordt ook geopend met een dank van de 3 acteurs en afgesloten met een nieuwe post-credit scene! Nu de ware identiteit van Spider-Man is prijsgegeven, kan Peter zijn normale leven niet langer meer scheiden met dat van zijn rol als superheld. Hij schakelt vervolgens de hulp van Dr. Strange in om dit alles ongedaan te maken. Dit brengt echter enorme risico's met zich mee, waarbij hij gedwongen wordt te ontdekken wat werkelijk nodig is om Spider-Man te zijn.