Oscar-winnaar Matt Damon is weer op de vlucht als Jason Bourne, de door de CIA opgeleide moordmachine. Bourne lijdt aan geheugenverlies en heeft zijn gewelddadige verleden verruild voor een doorsnee bestaan met zijn vriendin Marie. Zijn plannen voor een rustig leventje gaan echter in rook op als hij ternauwernood ontsnapt aan een moordaanslag. Opgejaagd door een onbekende vijand laat Bourne zien dat hij geen gemakkelijk doelwit is en dat niemand zijn kundigheid, uithoudingsvermogen en vastberadenheid mag onderschatten.

De scenarist van de vorige Bourne-films, Tony Gilroy, regisseert het vervolg op deze enorm populaire reeks spionagefilms: The Bourne Legacy. Jason Bourne heeft de vuile was van de illegale clandestiene programma's Treadstone en Blackbriar buiten gehangen. Om zich in te dekken besluit de top van de samenzwering om de overgebleven agenten permanent uit te schakelen. Onder hen bevindt zich Aaron Cross (Jeremy Renner), afkomstig van het Outcome programma, die samen met een hieraan verbonden wetenschapper (Rachel Weisz) op de vlucht slaat.