Neo, Trinity en Morpheus en andere helden staan op de rand van de zege of de vernietiging in hun epische oorlog tegen de Machines, het verbluffende sluitstuk van de Matrix-trilogie. Neo's missie is te gaan waar geen mens hem ooit voorging naar het hart van Machine City, waar hij een meedogenloze strijd moet aanbinden met het op hol geslagen en enorm in kracht toegenomen programma Smith. De revolutie is nu: The Matrix Revolutions.