Wanneer een jongen besluit om een klein dorp achter zich te laten en weg te rennen naar Tokyo, wordt hij getroffen door eenzaamheid. Met weinig geld en in een periode van uitzonderlijk slecht weer, houdt hij zijn hoofd maar moeizaam boven water. Dan raakt hij bevriend met een weesmeisje dat een magische kracht lijkt te hebben: het laten stoppen van de regen, en het laten opklaren van de lucht...

Een mysterieuze terroristische groep genaamd Humanize gelooft heilig dat mensen met superkrachten de ondergang van de wereld zullen betekenen. De krachten worden als een ziekte gezien en daarom wil de organisatie de wereld zuiveren met speciale explosieven. Quirk-gebruikers zullen de controle over hun krachten verliezen, wat tot massavernietiging moet leiden. Om iedereen te redden en te beschermen, verenigen wereldwijd superhelden en helden-in-opleiding, waaronder Deku en zijn klasgenoten, om Humanize te stoppen.