De geliefde grootvader van Jake verdwijnt plotseling van de aardbodem maar laat aanwijzingen achter over een mysterie dat deze wereld en tijd overstijgt. Dankzij de aanwijzingen ontdekt Jake een magische plek: mevrouw Peregrine's weeshuis voor bijzondere kinderen. Maar als hij kennismaakt met de bewoners en hun bijzondere gaven én hun krachtige vijanden, wordt het mysterie alsmaar groter en gevaarlijker. Jake ontdekt dat zijn eigen 'bijzondere' gave het enige is, dat zijn nieuwe vrienden kan redden.

Carl Black, bestsellerauteur, keert samen met z'n gezin terug naar zijn ouderlijke huis. Daar maakt hij kennis met zijn buren, die nogal eigenaardig zijn. Toch zal hij samen met deze buren de strijd moeten aanbinden met een pooier, die misschien wel een vampier is.

Harlan Draka is een Dampyr, half-mens en half-vampier, maar dat weet hij niet. Hij zal zijn krachten onder ogen moeten komen zien om de kwaadaardige 'Master of the Night' te stoppen.