MMA-vechter Cole Young is gewend om klappen te krijgen voor geld, maar zich niet bewust van zijn erfgoed of waarom de keizer van Outworld Shang Tsung zijn beste krijger op pad heeft gestuurd om Cole op te sporen. Cole vreest voor de veiligheid van zijn gezin en gaat op aanwijzing van Jax, een majoor van de special forces met dezelfde drakenmarkering als Cole, op zoek naar Sonya Blade. Al snel komt hij terecht in de tempel van Lord Raiden, die onderdak verleent aan degenen met dezelfde markering.

Marc Garan is lid van een internationale groep huurmoordenaars. Hij gaat naar Tokio voor een speciale missie die tien miljoen dollar oplevert als hij slaagt. Bij aankomst blijkt dat Marc niet de enige huurmoordenaar is en dat andere doorgewinterde vakgenoten zijn opgeroepen. De legendarische koning van de moordenaars, Jorg Drakos, legt uit dat ze bijeen zijn gekomen voor een competitie en dat ze hem moeten uitschakelen voor de geldprijs. Daarbovenop kan slechts één huurmoordenaar overleven om het geld op te eisen.