1888, Whitechapel. Het lijk van een jonge vrouw wordt aangetroffen. Haar keel is doorgesneden en haar lichaam is verminkt. Inspecteur Rees onderzoekt de moord en probeert de moordenaar op te sporen. Rees wordt bijgestaan door lijkschouwer Locque. Ondertussen stapelen de lichamen zich op.

Wanneer een onbekende, vermoedelijk een mutant met buitengewone krachten, de president aanvalt krijgen de mutanten met nog meer argwaan en discriminatie te maken dan al het geval was. Er komt bredere steun in de samenleving voor een registratieplicht voor mutanten. Militair leider William Stryker is één van de grootste voorstanders van dit plan, en leidt een aanval op de X-Men opleiding. De ontsnapte Magneto begint een opmerkelijke samenwerking met Professor Xavier om Stryker te stoppen. Ondertussen begint Wolverine een onderzoek naar zijn verleden.