Ajami is een smeltkroes van culturen, waar Joden, moslims en christenen geregeld met elkaar botsen. De film vertelt een aantal met elkaar verbonden gebeurtenissen, die op het einde van de film samenkomen in een tragische ontknoping. De 13-jarige Nasri en zijn broer Omar leven in angst nu hun familie in gevaar is nadat hun oom domweg op een belangrijk lid van een andere clan schoot. Malek, een naïeve Palestijnse vluchteling, werkt illegaal in Israël om de operatie te betalen die het leven van zijn moeder kan redden. De rijke Palestijn Binj droomt ervan om Ajami te verlaten en in te trekken bij zijn Joodse vriendin. En dan is er Dando, een Israëlische politie-inspecteur wiens leven compleet overhoop gegooid werd toen zijn jongere broer spoorloos verdween...