De jonge helden-in-opleiding van My Hero Academia beleven in My Hero Academia: Two Heroes een wilde rit wanneer schurken de stad I-Island bedreigen. Deku en All Might ontvangen een uitnodiging voor I-Expo, 's werelds toonaangevende tentoonstelling van unieke skills en de nieuwste hero-items. Totdat ineens het geavanceerde beveiligingssysteem van I-Expo gehackt wordt door schurken en All Might gevangen zit in hun sinistere plan.