De geliefde grootvader van Jake verdwijnt plotseling van de aardbodem maar laat aanwijzingen achter over een mysterie dat deze wereld en tijd overstijgt. Dankzij de aanwijzingen ontdekt Jake een magische plek: mevrouw Peregrine's weeshuis voor bijzondere kinderen. Maar als hij kennismaakt met de bewoners en hun bijzondere gaven én hun krachtige vijanden, wordt het mysterie alsmaar groter en gevaarlijker. Jake ontdekt dat zijn eigen 'bijzondere' gave het enige is, dat zijn nieuwe vrienden kan redden.

Een groep hoogbegaafde buitenaardse wezens, gespeeld door de Monty Python leden zelf, vindt een onbeduidend planeetje dat 'Aarde' heet. Ze besluiten de primitieve bewoners te testen, door één toevallig gekozen exemplaar onbeperkte supergaven te geven. Slaagt de mens voor de test, dan mogen ze zich aansluiten bij de Intergalactische Intellectuelen. Zo niet, dan wordt de aarde vernietigd.

Philippa Langley is een amateurhistoricus die moet afrekenen met onbegrip en scepsis vanuit haar omgeving. Desondanks staat ze aan het hoofd van de zoektocht naar de overblijfselen van koning Richard III die reeds 500 jaar zoek zijn. Langley zet haar research onverbiddelijk voort en stuit in 2012 op een parkeerterrein in Leicester.