Shinji Ikari is nog steeds stuurloos nadat hij zijn wil om te leven heeft verloren. De plaats waar hij aankomt leert hem evenwel wat het betekent om hoopvol te zijn. Tenslotte wordt het Instrumentaliteitsproject in gang gezet en Wille maakt een laatste slopende poging om de finale inslag te voorkomen.

De Croods hebben de nodige gevaren en rampen overleefd: niet alleen gevaarlijke prehistorische dieren, maar ook het vriendje van hun dochter. Nu krijgen ze een compleet andere uitdaging die hun levens op z'n kop zet. In hun zoektocht naar een nieuwe woonplek stuiten ze op een idyllisch, door muren omringd paradijs. Ze denken dat ze hier alles hebben om goed te kunnen leven, maar komen dan tot de ontdekking dat er al een andere familie woont: de Betermans. Met hun luxe boomhut, geweldige uitvindingen en geavanceerde systemen om verse producten te verbouwen, zijn ze een stuk verder in de evolutie dan de Croods. Wanneer ze de Croods vragen om als eerste gasten in hun weelderige onderkomen te verblijven, ontstaan er al snel irritaties tussen de twee families, die bijna escaleren. Dan dreigt er een nieuw gevaar en moeten de families hun onenigheden laten varen, hun krachten bundelen en hun veilige wereld binnen de muren verlaten om samen op avontuur te gaan.

Het is de 31e eeuw: de aarde is vernietigd door buitenaardse wezens. Een paar van de laatste mensen gaan opzoek naar een gigantisch apparaat dat in staat is om een nieuwe Aarde te maken.