De Bellas zijn afgestudeerd. Ze naderen het einde van hun studentenbestaan en daarmee ook hun tijd als zangeressen in hun zanggroep Barden Bellas. Ze proberen er achter te komen hoe ze hun vriendschap soort van af kunnen sluiten en wat ze gaan doen met de rest van hun leven.

Alvin en zijn vriendjes zeggen hun leven als popsterren tijdelijk vaarwel en gaan ze terug naar school. Al snel nemen ze de taak op zich om het muziekprogramma van de school te redden dat in financiële nood verkeert. Door zich in te schrijven in een heuse 'battle of the bands' hopen de chipmunks een grote geldprijs te winnen.

Harry en Rose vormen een jong, Amerikaans koppel. Ze willen er even tussenuit om tijd aan hun relatie te besteden en begeven zich naar een blokhut die eigendom is van de familie van Harry. De korte vakantie van het koppel wordt verpest, wanneer ze te maken krijgen met een kwaadaardige sociopaat. Een onvrijwillig kat-en-muisspel begint.