Sinds het ontstaan van de beschaving wordt Apocalypse, de eerste en meest krachtige mutant uit het Marvel-universum, aanbeden als een god. Hij vergaart de krachten van een groot aantal andere mutanten en wordt daarmee onsterfelijk en onoverwinnelijk. Als Apocalypse na duizenden jaren ontwaakt is hij teleurgesteld in de wereld. Hij rekruteert een team van krachtige mutanten om de mensheid te onderwerpen en een nieuwe wereldorde te creëren waar hij over zal regeren.

Voor het eerst in de geschiedenis hebben de mutanten een keuze: of ze behouden hun unieke krachten maar blijven outcast, of ze ontdoen zich van hun krachten en worden net als de rest van de mensheid. Dit leidt tot een nog grotere strijd tussen de vreedzame professor Charles Xavier en de machtswellustige Magneto.

Jean Gray begint ongelooflijke krachten te ontwikkelen die haar doen veranderen in de kwaadaardige Dark Phoenix. Nu moeten de X-Men beslissen of het leven van één teamlid meer waard is dan alle mensen die op de wereld wonen.