De zeventienjarige Tim Walker woont in Londen en wordt naar de Oostenrijkse Alpen gestuurd. Hij zal er zangles volgen op de legendarische Mozart kostschool, waarvan de heer Longbow directeur is. Op de school ontdekt hij een eeuwenoude doorgang naar de magische wereld van de Toverfluit van de befaamde componist.

A Hidden Life vertelt het verhaal van een onbezonnen held, Franz Jägerstätter, die in de Tweede Wereldoorlog weigert om voor de nazi`s te vechten. Wanneer de Oostenrijkse boer geconfronteerd wordt met de dreiging van executie wegens verraad, is het zijn onwankelbare geloof en zijn liefde voor zijn vrouw, Fani, en kinderen die hem op de been houden.