Achttien jaar na de eerste 'missie van God' van de Blues Brothers komt Elwood Blues vrij en ontdekt dat er al die jaren veel is veranderd. Zijn maatje Jack is dood, zijn band is uit elkaar en het weeshuis waar hij is opgegroeid, is gesloopt. Het is al snel duidelijk voor Elwood dat hij een nieuwe missie te volbrengen heeft.

Alvin en zijn vriendjes zeggen hun leven als popsterren tijdelijk vaarwel en gaan ze terug naar school. Al snel nemen ze de taak op zich om het muziekprogramma van de school te redden dat in financiële nood verkeert. Door zich in te schrijven in een heuse 'battle of the bands' hopen de chipmunks een grote geldprijs te winnen.