Tomokazu Seki

Ryo Saeba runt samen met zijn partner Kaori Makimura een privédetectivebureau genaamd City Hunter. Deze keer heeft City Hunter een nieuwe missie aangenomen om het mysterie op te lossen rond een uitvinding van het biotechbedrijf Angel Dust. Dit bedrijf verandert mensen door middel van nanomachines in super soldaten.

Shinji Ikari is nog steeds stuurloos nadat hij zijn wil om te leven heeft verloren. De plaats waar hij aankomt leert hem evenwel wat het betekent om hoopvol te zijn. Tenslotte wordt het Instrumentaliteitsproject in gang gezet en Wille maakt een laatste slopende poging om de finale inslag te voorkomen.

De film gaat verder waar Evangelion 1.0 stopte: de paramilitaire organisatie NERV verdedigt de wereld tegen de terugkeer van de Angels, maar de voortdurende oorlog begint zijn tol te heffen. Shinji Ikari's relatief plezierige leventje krijgt een wending als een nieuwe groep Evangelion pilots, waarbij de roodharige Asuka Langley Shikinami, hem en Rei Ayanami komen bijstaan. Misato Katsuragi heeft ondertussen te kampen met oude vlam Ryoji Kaji, die aan NERV is toegevoegd met een speciale missie. Vanwege hun verschillende agenda ontstaan ook spanningen tussen NERV Commander Gendo Ikari en de mysterieuze organisatie SEELE.

Het plot volgt voor een groot deel de eerste zes afleveringen van de originele Evangelion serie. Shinji Ikari komt aan in Tokyo-3. Hij komt midden in een gevecht tussen de U.N. Army en de Fourth Angel (Thrid in de originele serie). Zijn vader Gendo, Surpreme Commander van NERV, wil dat hij Evangelion Unit-01 gaat besturen omdat de originele piloot te erg gewond is na zijn gevecht.