Jason Bourne wordt gered uit zee en lijdt aan geheugenverlies. Hij is bijna dood en heeft niets anders bij zich dan kogels in zijn rug en het bankrekeningnummer van een Zwitserse bank in zijn heup. Hoewel hij totaal geen indentiteit of achtergrond heeft, is hij buitengewoon goed in vechten en zelfverdediging en spreekt hij veel talen. Dit duidt op een gevaarlijk verleden, in het heden is hij gedesorienteerd en op zijn hoede. Er volgt een zoektocht waarbij hij wil ontdekken wie hij is en waarom zijn leven deze gevaarlijke wending heeft genomen.

Twee zussen die op verschillende continenten wonen, worden herenigd op een eiland in de Middellandse Zee. De twee hebben amper tijd om familiebanden op te halen als Kate een groep plaatselijke bewoners ontmoet en instemt met een spannende rit in een heteluchtballon. Maar het noodlot slaat toe en als gevolg van een bizar ongeluk wordt de ballon ver de zee op gedragen.