In The Bourne Identity probeerde hij erachter te komen wie hij was. In The Bourne Supremacy nam hij wraak voor wat hem was aangedaan. En nu komt hij thuis... en kan alles weer terughalen. Treadstonem, het ultra geheime programma dat deze supermoordenaar creëerde, is opgeheven en wordt nu voortgezet onder een andere naam: Blackbriar. Voor Bourne vormen zij de enige schakel met een leven dat hij vergeefs tracht te vergeten. Uiteindelijk belandt hij waar alles begon en waar het ook zal moeten eindigen.